Paleolit mədəniyyəti Yaponiya arxipelağının təxminən e.ə. 30.000-cu illərdə məskunlaşıldığını göstərir. E.ə. 14.000-cü ilə qədər (Comon dövrünün başlanğıcı) Yaponiyada Mezolit dövrü davam etmişdir. Neolit dövründə yarımoturaq həyat tərzi həyat keçirən, ovçuluq və yığıcılıqla məşğul olan müasir yamatoların və aynuların əcdadları peyda olmuşdur.[23][24] Onlar pit-hauzlarla və ibtidai kənd təsərrüfatları ilə xarakterizə olunurlar.[25] Bu dövrə aid tapılmış bəzədilmiş gil qablar dünyada dulusçuluq sənətinin salamat qalmış ən qədim nümunələridir. Təxminən e.ə. 300-cü ildə yayoilər Yaponiya adalarına gəlmiş və comonlarla qaynayıb-qarışmışdırlar.[26] E.ə. 500-cü ildə başlayan Yayoi dövründə yerli əhali Çin və Koreya vasitəsilə çəltik yetişdirmək,[27] yeni tərz dulusçuluq,[28] metallurgiya kimi məşğuliyyətlərlə tanış olmuşdur.[29]
Yaponiya yazılı tarixdə ilk dəfə Çin tarixi haqqında olan "Han kitabı"nda peyda olmuşdur.[30] "Üç krallığın qeydləri"nə görə Yaponiya adalarında ən güclü krallıq III əsrdə peyda olmuşdu və Yamataikoku adlanırdı. Yaponiya buddizm ilə ilk dəfə Koreyadakı Bekçe krallığı vasitəsilə tanış olmuşdur, amma bu dinin Yaponiyadakı sonrakı inkişafı əsasən Çin ilə əlaqədardır.[31] İlk vaxtlarda bu dinə qarşı müqavimət olsa da, hakim sinif buddizmi Yaponiyada yaya bilmişdir və Asuka dövrünün (592-710) əvvəllərində buddizm geniş şəkildə yayılmışdır.[32]
Nara dövründə (710-784) Heyco sarayında (müasir Nara şəhəri) mərkəzləşdirilmiş güclü Yaponiya dövlətinin yaradılması qeyd edilir. Nara dövrü ədəbiyyatın peyda olması, eləcə də buddizm incəsənəti və memarlığın inkişafı ilə xarakterizə olunur.[33] 735–737-ci illərdə çiçək xəstəliyi səbəbindən Yaponiya əhalisinin 1/3 hissəsinin öldüyü güman olunur.[34] 784-cü ildə İmperator Kanmu Kiotonun 794-cü ildə paytaxt elan edilməsindən əvvəl paytaxtı Naradan Naqaoka-kyoya köçürmüşdür.
Heyan dövrünün (794–1185) əvvəllərində — Yaponiyanın yerli mədəniyyətinin açıq-aşkar meydana çıxdığı dövrdə incəsənət, şeriyyət və nəsrin inkişafı ilə seçilir. Murasaki Şikibunun "Gencinin hekayəsi" romanı və müasir Yaponiyanın milli himni olan "Kimiqayo" bu dövrdə yazılmışdır.[35]
Heyan dövründə buddizmin iki məzhəbi yayılırdı: Sayçonun yaydığı Tendai buddizmi və Kukainin yaydığı Şinqon buddizmi. XI əsrin ikinci yarısında Yaponiyada Təmiz torpağın buddizmi (Codo-şu, Codo Şinşu) geniş populyarlıq qazanmışdır.