Yaponiyada feodalizm dövrü döyüşçü hakim sinifin — samurayların peyda olması və üstünlük təşkil etməsi ilə səciyyələnir. 1185-ci ildə Qenpey müharibəsində ("Heykenin hekayəsi"də adı çəkilir) Tayra klanın məğlub olmasından sonra samuray Minamoto no Yoritomo imperator Qo-Toba tərəfindən şoqun təyin olunmuş və Kamakurada güc bazası yaratmışdır. Onun ölümündən sonra Hoco klanı hakimiyyətə gəlmişdir. Kamakura dövründə (1185–1333) Yaponiya Çin vasitəsilə buddizmin Dzen cərəyanı ilə tanış olmuşdur və bu cərəyan samuray sinfi arasında geniş yayılmışdır.[36] Kamakura şoqunluğu 1274 və 1281-ci illərdə monqol işğallarını dəf etmişdir, amma sonda İmperator Qo-Dayqo tərəfindən devrilmişdir. Qo-Dayqo 1336-cı ildə Aşikaqa Takauci tərəfindən məğlubiyyətə uğradılmışdır.
Aşikaqa Takauci Kiotoda — Muromaçidə yeni şoqunluq yaratmışdır. Bu, Muromaçi dövrünün (1336–1573) başlanğıcıdır. Aşikaqa Yoşimitsunun dövründə Aşikaqa şoqunluğu böyük əzəmətə nail olmuşdur və Dzen buddizmi əsasında yaranmış mədəniyyət (Miyabi incəsənəti) müvəffəqiyyətə nail olmuşdur. Bu mədəniyyət daha sonra inkişaf edərək Hiqaşiyama mədəniyyətinə çevrilmişdir və XVI əsrə qədər çiçəklənməyə davam etmişdir. O biri tərəfdən, Aşikaqa şoqunluğu feodal qoşun başçılarını (daimyo) nəzarətdə sağlaya bilməmişdir. Nəticədə, 1467-ci ildə bir əsr davam edəcək Senqoku dövrünün ("Döyüşən dövlətlər") başlanğıcı olan vətəndaş müharibəsi (Onin müharibəsi) başlamışdır.[37]
XVI əsrdə portuqaliyalı tacirlər və Yezuit missionerləri ilk dəfə Yaponiyaya çatmış və Yaponiya ilə Qərb arasında ticarət və mədəniyyət mübadiləsinin əsasını qoymuşdurlar. Bu, Oda Nobunaqaya Qərb texnologiyası və silahları ilə tanış olmağa imkan yaratmış və onlardan digər daimyolara hücum etməkdə istifadə etmişdir. Onun güc birləşdirməsi Azuçi-Momoyama dövrünün (1573–1603) başlanğıcı oldu. 1582-ci ildə Odanın öldürülməsindən sonra varisi Toyotomi Hideyoşi 1590-cı ildə ölkəni birləşdirmiş, 1592 və 1597-ci illərdə Koreyaya iki uğursuz yürüş etmişdir.
Hideyoşinin oğlunun naibi olan Tokuqava İeyasu mövqeyindən istifadə edərək siyasi və hərbi dəstək əldə etmişdir. Açıq müharibə başladıqda Tokuqava İeyasu 1600-cü ildə Sekiqahara döyüşündə rəqib klanları məğlub etmişdir. Tokuqava İeyasu 1603-cü ildə şoqun elan edilmiş və Edoda (müasir Tokio) Tokuqava şoqunluğunun əsasını qoymuşdur.[38] Tokuqava şoqunluğu müstəqil daimyolara nəzarət etmək üçün buke şohatto kimi tədbirləri həyata keçirmişdir.[39] 1639-cu ildə izolyanist sakoku ("qapalı ölkə") siyasəti təxminən iki əsr yarım davam etmiş və bu dövr tarixə Edo dövrü (1603-1868) kimi düşmüşdür.[40] Ranqaku kimi tanınan Qərb elmlərinin öyrənilməsi Decima və Naqasakidəki holland anklavı vasitəsilə davam etmişdir. Edo dövründə həm də kokuqaku ("milli təhsil") inkişaf etmişdir.[41]